Dzięki multidyscyplinarności zakładów naukowych i pracowni, uczestnictwu w projektach i innych przedsięwzięciach dotyczących gospodarowania zasobami Bałtyku, Instytut stał się centrum kompetencji i wiedzy, ośrodkiem przetwarzania i wartościowania informacji dotyczącej potrzeb i priorytetów gospodarki morskiej oraz wykorzystania zasobów morza, w tym przestrzeni morskiej. 
Podstawowym przedmiotem działania Instytutu jest działalność naukowo-badawcza, wdrożeniowa i doświadczalna, obejmująca problematykę techniczną, technologiczną, ekonomiczną, organizacyjną, ekologiczną i prawną w dziedzinie gospodarki morskiej, przystosowywanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych do potrzeb praktyki i polityki morskiej oraz wdrażanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych. Prace badawczo-rozwojowe realizowane są dla administracji rządowej, samorządowej i morskiej oraz dla przedsiębiorstw związanych z gospodarką morską i regionem nadmorskim.  

Wiodącymi  obszarami aktywności Instytutu Morskiego Uniwersytetu Morskiego w Gdyni są: 

• innowacyjne badania w obszarze zasobów morza i gospodarki morskiej uwzględniające potrzebę kreowania zrównoważonej przestrzeni Morza Bałtyckiego, poprzez dostarczanie wiedzy eksperckiej w zakresie planowania i zarządzania obszarami morskimi, w tym morskimi obszarami chronionymi,
• specjalistyczne usługi dla przedsiębiorstw gospodarki morskiej oraz sektorów powiązanych, w tym sektora energetycznego, transportu morskiego i portów morskich, turystyki morskiej oraz dziedzictwa kulturowego,
• projekty badawcze i rozwojowe w obszarze ochrony środowiska na morzu i lądzie oraz ekologii wód morskich, w tym rybołówstwa morskiego,
• świadczenie oceanograficznych usług badawczych i analitycznych przy wykorzystaniu dedykowanego sprzętu i aparatury badawczej, w tym statków badawczych oraz certyfikowanych laboratoriów,
• dostarczanie eksperckiej wiedzy w zakresie ekologii, geologii, geotechniki oraz hydrotechniki morskiej,
• wdrażanie sztucznej inteligencji w transporcie w celu optymalizacji procesów przewozowych oraz wspierania ekologicznych rodzajów transportu, w tym szczególnie morskiego i rzecznego,
• projektowanie, utrzymanie i zarządzanie bazami danych oraz rozwój innowacyjnych morskich technologii badawczych i informacyjnych dotyczących bezpieczeństwa, monitoringu zjawisk i procesów ciągłych.
• wykonywanie specjalistycznych analiz laboratoryjnych w zakresie chemii, biologii i geotechniki morskiej,

Instytut Morski pozyskuje projekty i zlecenia na usługi doradcze, eksperckie i badawcze, a także zarządza realizowanymi projektami. Jednocześnie kreuje oraz rozwija międzynarodowe projekty badawczo-rozwojowe wykorzystujące programy oraz fundusze krajowe i międzynarodowe, w tym z Unii Europejskiej. Instytut Morski od wielu lat prowadzi szeroką współpracę z krajowymi i zagranicznymi instytucjami naukowymi, prowadząc wspólne projekty badawcze.  ​​«---